上海越剧院的前身为华东戏曲研究院越剧实验剧团。1955年3月，华东戏曲研究院随着华东行政区的撤销而结束。院属两个越剧团和院部部分干部、艺术专业人员组建成上海越剧院。袁雪芬任院长，胡野檎任党支部书记。1956年，胡野檎被任命为副院长，张成之、吴琛被任命为院长助理(1962年10月，吴琛升任副院长)。初设机构有办公室、文学组、导演组、音乐组、美术组和两个演出团。主要艺术创作人员有编剧徐进、庄志、成容、邵慕水、陈羽；导演吴琛、黄沙、钟泯、陈鹏、朱铿、石景山、韩义；作曲陈捷、顾振遐、薛岩、项管森、高鸣、杜春阳、周茂恒；舞美设计苏石风、顾大良、陈利华、黄子曦等；一团主要演员有袁雪芬、范瑞娟、傅全香、张桂凤、吴小楼、陆锦花、吕瑞英、金采风、陈少春、魏小云等；二团主要演员有徐玉兰、王文娟、丁赛君、周宝奎、徐慧琴、钱妙花以及徐天红(1960年8月加入)等。

1958年，剧院扩充，机构调整，原院部组、室改置为办公室、创作室、艺术室和舞美工场。2月，上海市戏曲学校越剧班大部分师生划归剧院，成立学馆，并于1959年6月改组成男女合演的实验剧团。1960年春，市文化局直属的上海市青年越剧团(前身为原邑庙区的和平、光荣越剧团合并而成)划归剧院，组成三团。1960年4月，以范瑞娟、傅全香为首的一团奉调赴京，组成北京越剧团。1961年初，北京越剧团撤销，全团回归剧院。

“文化大革命”中，剧院受到严重破坏。1973年，改为上海越剧团，1979年，恢复剧院建制。袁雪芬任院长，张成之任党总支书记兼副院长，吴琛任副院长兼总导演，徐进任副院长。院部设办公室、政治科、创作研究室、美术组及舞美制作工场。下辖两个演出团和一个学馆。一团为男女合演团，主要演员有吕瑞英、金采风、刘觉、史济华、张国华等；二团为女子越剧团，主要演员有范瑞娟、傅全香、徐玉兰、王文娟、陆锦花等。1983年，学馆改为三团，主要演员有赵志刚、许杰、陈颖、张承好、胡敏华、李萍等。

1984年底至1985年初，剧院调整领导班子和机构。原院领导退居二线，袁雪芬任名誉院长，吴琛、徐进任艺术顾问。吕瑞英任院长，纪乃咸任总支书记兼副院长，刘觉、卫震华任副院长。院部设院长办公室、总支办公室、创作室、艺术研究室、教育辅导部、电视部、美术组及舞美工场。下辖一团、二团(后改名红楼剧团)和男女合演的三团。

1986年，市文化局决定红楼剧团为全局剧团体制改革试点团。在名称不变、建制不变、隶属关系不变的情况下，改革经营管理制度，扩大演出、人事、经济方面的自主权，与院部签订了试行期2年的合约。

1988年10月，上海市戏曲学校越剧班学员进入剧院，组成了青年剧团。

1988年11月7日，剧院领导班子及机构再次调整。袁雪芬继任名誉院长，卫震华任常务副院长，纪乃咸任党总支书记，薛允璜任副院长，尤伯鑫任院长助理。接着全院进行体制改革，对专业技术人员实行职称评聘(包括红楼剧团)。1989年8月，红楼剧团与泰国正大集团汕头投资有限公司实行联营，期限3年。1990年青年剧团并入红楼剧团。

1993年夏，剧院进行改革，实行全员聘任制。机构与领导班子再次调整，卫震华任院长，尤伯鑫任党总支书记兼副院长，薛允璜、丁志愿任副院长，下设红楼、明月两个演出团。院部设置办公室、艺术室、艺术研究室、教育辅导室、美术工场、组织人事科、财务科、总务基建科等科室和越友酒家、红楼实业娱乐公司等“三产”单位。

1995年夏，剧院领导班子及机制有所调整，改院长负责制为总经理负责制。丁志愿任总经理，尤伯鑫任党总支书记兼副总经理，薛允璜任副总经理，贺平任党总支副书记，胡越任艺术总监。增设演出管理部，撤销教育辅导部，原美术工场改为舞美设计制作部，原艺术室改为艺术创作部，原总务基建科分为行政科和基建科

剧院自建立以来，贯彻党的文艺为工农兵服务、为社会主义革命和建设服务的方向，在“百花齐放，推陈出新”的戏改方针指引下，40余年来，创作(包括改编、整理、移植)演出的传统剧、历史剧和现代剧剧目300多出，其中，除《梁山伯与祝英台》、《西厢记》、《祥林嫂》、《红楼梦》被公认为剧种的代表作外，尚有《春香传》、《追鱼》、《情探》、《打金枝》、《盘夫索夫》、《碧玉簪》、《十一郎》、《三看御妹》、《金山战鼓》、《则天皇帝》、《九斤姑娘》、《北地王》、《孔雀东南飞》、《李娃传》、《西园记》、《凄凉辽宫月》、《血染深宫》等优秀保留剧目和《技术员来了》、《忠魂曲》、《三月春潮》、《鲁迅在广州》、《第十二夜》等男女合演的实验性、探索性剧目30多出。其中部分剧目在1952年第一届全国戏曲会演、1954年华东戏曲会演和上海市历届戏剧会演、戏剧节、艺术节上，获得剧本、导演、表演、音乐、舞美和演出等各项奖励。《梁山伯与祝英台》、《红楼梦》、《情探》、《碧玉簪》、《追鱼》、《祥林嫂》等剧目被摄制成电影。《西园记》、《孟丽君》、《打金枝》、《彩楼记》、《孔雀东南飞》、《梁山伯与祝英台》、《祥林嫂》、《情探》、《凄凉辽宫月》、《三看御妹》、《李娃传》、《秦淮烟云》等剧目，则先后被摄制成戏曲电视片和录像片播映。

剧院为满足人民群众文化需要，除经常在本市剧场公演外，还不定期地深入工厂、农村、部队及全国各地巡回演出；多次晋京参加国庆献礼演出，并为苏联、蒙古、朝鲜、罗马尼亚、捷克斯洛伐克、匈牙利、民主德国、保加利亚、阿尔巴尼亚、印度、印尼、缅甸、阿富汗等国家的元首、政府首脑和党政代表团作招待演出。为了开展对外文化交流，剧院先后赴民主德国、苏联、朝鲜、越南、日本、法国、泰国、新加坡、美国、联邦德国、荷兰、比利时、卢森堡及香港、澳门、台湾等国家和地区，进行访问演出和商业性演出。

为了培养越剧事业接班人，剧院从1950年冬开始，多次向社会公开招收学员，采用随团学习、举办训练班、开设学馆和到高等艺术院校进修等多种形式，培养编剧、导演、演员、音乐、舞美等各类专门人才。